Après avoir convenu de la conception et du choix des matériaux à utiliser, la méthode de construction peut maintenant être considérée. Les baignades biologiques sont divisées en deux secteurs : la zone de natation et la zone de régénération. Elles sont généralement séparées par des murs verticaux ce qui peut être fait en bois de construction, pierre, plastique réutilisé, sacs geotextile ou béton armé. Dans certains cas, les remblais de terre peuvent être employés.

La méthode la plus courante pour la construction utilise un recouvrement et des murs de bloc. Dans la plupart des conceptions, la piscine entière est scellée avec un recouvrement en caoutchouc résistant aux UV, de préférence un qui est exempt de métaux lourds, flexible, conforme aux dimensions du bassin, et sécurisant pendant toute la durée de vie de la baignade biologique.

Le recouvrement en caoutchouc est nécessaire pour garantir la protection contre les infiltrations. Avant d'étendre le recouvrement, un matériau de polyester, geotextile ou de simples journaux sont placés sous le recouvrement pour la protection contre les pierres pointues.

Bien que le fond du bassin de natation soit libre de gravier, le recouvrement dans la zone de régénération est couvert de différentes densités de substrat spécifique pour les plantes aquatiques. Le secteur de natation, cependant, ne devrait pas être couvert de gravier car cela le rend extrêmement difficile d'enlever la vase ou le sédiment. On doit pouvoir accéder facilement au secteur de natation par des escaliers, en faisant des marches en pierres, une plage ou une échelle de piscine à partir d'une plate-forme en bois ou d'un patio en pavé.

La frontière commune entre le secteur de natation et la zone de régénération devrait être aussi grande que possible pour une meilleure utilisation du fonctionnement écologique du secteur de régénération. La zone de régénération de la baignade biologique peut soit entourer la zone de natation ou elle peut être située à une extrémité de la piscine. Le secteur de régénération se situera derrière le mur de séparation qui lui-même sera situé au-dessous de l'eau. Le niveau du bassin de régénération est peu profond.

L'angle de la pente ne doit pas être de plus qu'approximativement 350 millimètres par mètre (càd. élévation relativement plate).